دانشگاه آزاد اسلامی با تمامی واحدهای دانشگاهی آن بر پایه رنکینگ بینالمللی URAP با رتبه ۲۲۶ در دنیا و رتبه ۲ در ایران بعد از دانشگاه تهران، از معتبرترین دانشگاهها در ایران محسوب میشود. این نظام رتبهبندی بر اساس میزان تولیدات علمی کار میکند و دانشگاه آزاد اسلامی به صورت یک سامانه دانشگاهی (نه یکایک واحدهای دانشگاهی به صورت جداگانه) در آن شرکت کرده است.
دو سال پس از انقلاب فرهنگی ایران، در روز ۳۱ اردیبهشت ماه سال ۱۳۶۱ آیت الله هاشمی رفسنجانی در خطبه نمازجمعه تهران برای اولین بار از طرحی به نام دانشگاه آزاد اسلامی سخن گفت، این اقدام در حقیقت نتیجه رایزنی ها و پیشنهاد دکتر عبدالله جاسبی به منظور راه اندازی این دانشگاه بود.
در آذر سال ۱۳۶۱ اساسنامه دانشگاه نوشته شد و به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید، این دانشگاه با سرمایه اولیه یک میلیون تومانی حضرت امام خمینی (ره) فعالیت خود را آغاز کرد.
اولین واحد دانشگاهی، واحد تهران مرکزی با نام پیشین دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران با کد ۱۰۱ در ۱۰ مرداد سال ۱۳۶۱ تشکیل شد و مرحوم "مهندس شکرریز" نخستین رئیس این واحد نام گرفت، واحد تبریز نخستین واحد شهرستانی بود که با کد ۱۰۲ در ۲۳ آبان ۱۳۶۱ توسط دکتر کریم زارع راه اندازی شد.
نخستین آزمون ورودی دانشگاه در اسفند ۱۳۶۱ با شرکت ۳۲ هزار داوطلب در شاهرود، اهواز، تبریز، تهران،رشت، زاهدان، کرمان، مشهد و یزد برگزار شد و حدود ۳ هزار نفر در رشتههای راه و ساختمان،برق، مکانیک،فیزیک،ریاضی، شیمی، صنایع فلزی، نساجی و حسابداری پذیرفته شدند.
در سال ۱۳۸۹، شورای عالی انقلاب فرهنگی با تغییر اساسنامه دانشگاه تعداد اعضاء هیئت مؤسس را به ۹ نفر افزایش داد. مطابق با این مصوبه، آقایان دکتر حسن حبیبی، دکتر علیاکبر ولایتی، حجت الاسلام و المسلمین محسن قمی و دکتر حمید میرزاده به اعضای هیئت مؤسس افزوده شدند که پس از فوت آقای حسن حبیبی و تصویب هیئت مؤسس و شورایعالی انقلاب فرهنگی حجت الاسلام والمسلمین علیاکبر ناطق نوری جایگزین او شد. پس از فوت آیت الله هاشمی رفسنجانی در۱۹ دی سال ۱۳۹۵، با حکم مقام معظم رهبری دکتر علیاکبر ولایتی به ریاست هیأت مؤسس و هیات امناء دانشگاه منصوب شد.
دانشگاه آزاد اسلامی همانند دیگر مؤسسات آموزش عالی در ایران زیر نظر شورای عالی انقلاب فرهنگی فعالیت میکند. نوع مدرک اعطایی به فارغالتحصیلان این دانشگاه به صورت مستقل و با قید محل تحصیل اعطا می شود.